Mikołaja Kopernika PAN w Warszawie (2007-2011) i równocześnie (2010-2011) jako adiunkt w Centrum Fizyki Teoretycznej PAN. W latach 2009–2011 była członkiem Zarządu Polskiego Towarzystwa Astronomicznego. Stopień naukowy doktora habilitowanego nauk fizycznych w zakresie astronomii nadany przez Radę Naukową CAMK PAN w Warszawie otrzymała w kwietniu 2011 roku, zaś tytuł profesora w dziedzinie nauk ścisłych i przyrodniczych nadany przez Prezydenta RP w styczniu 2021 roku. Od listopada 2011 roku na stanowisku profesora w Centrum Fizyki Teoretycznej PAN.
Publikacje naukowe Autorka ponad 140 prac naukowych, które publikuje w różnych czasopismachprof. Agnieszka Janiuk - lista publikacji (ang.) (dostęp z dnia: 2015-06-11). Obszar zainteresowań badawczych to: astrofizyka dysków akrecyjnych w układach podwójnych, czarne dziury w Drodze Mlecznej, aktywne jądra galaktyk i kwazarów oraz pochodzenie rozbłysków gamma. Jej wykład na temat radioastronomii można oglądać w serwisie Youtubeprof.