W 1864 r. w wyniku ukazu kasacyjnego zakonów klasztor kapucynów warszawskich został zamknięty, a kościół przekazany władzy diecezjalnej. W 1888 rozebrano budynki klasztorne, a w ich miejscu powstała ulica Kapucyńska. Dziesięć lat później przeprowadzono renowację świątyni i wzniesiono nowy budynek – plebanię.
W 1918 r., po odzyskaniu niepodległości, kapucyni powrócili do swej warszawskiej siedziby.
Podczas powstania warszawskiego w 1944 r. kościół uległ znacznym zniszczeniom. W pożarach spaliły się ołtarze (z wyjątkiem jednego), obrazy Szymona Czechowicza oraz cenne dzieła innych artystów. Po zakończeniu wojny przystąpiono do odbudowy. Już w 1945 r. zabezpieczono stropy, wywieziono gruz i oszklono okna. Położono też nowy dach. Poświęcenie kościoła odbyło się 8 września 1946 r.
W 1965 kościół i klasztor zostały wpisane do rejestru zabytków.
W 1983 r., z racji 300-lecia Odsieczy Wiedeńskiej, papież Jan Paweł II, 17 czerwca, odwiedził świątynię kapucynów i nawiedził urnę z sercem króla Jana III.
Przypisy
Kategoria:Architektura I Rzeczypospolitej (województwo mazowieckie) Kategoria:Fundacje kościelne władców Polski Kategoria:Klasztory kapucynów w Polsce Kategoria:Zabytkowe obiekty sakralne w Warszawie