27 grudnia 2011 roku Prokuratura Rejonowa w Bydgoszczy umorzyła dochodzenie wszczęte w związku z oskarżeniami o pedofilię, ze względu na nieobyczajne zachowanie, niemające jednak znamion pedofilii. 1 lutego 2013 został usunięty przez bp. Jana Tyrawę z urzędu proboszcza oraz odsunięty od prowadzenia wykładów w Wyższym Seminarium Duchownym w Bydgoszczy i skierowany do pracy jako kapelan Szpitala Miejskiego w Bydgoszczy i Hospicjum. im. bł. ks. Jerzego Popiełuszki w Bydgoszczy. Jednocześnie Kuria Diecezji bydgoskiej przeprowadziła dochodzenie kanoniczne, przekazując następnie dokumentację do Kongregacji Nauki Wiary. W oczekiwaniu na wyrok kanoniczny został 31 stycznia 2018 roku przeniesiony do Domu Księży Emerytów.
W efekcie skutecznego działania kościelnego systemu prewencji wykorzystywania seksualnego dzieci i młodzieży w 2021 roku delegat ds. ochrony dzieci i młodzieży w Diecezji bydgoskiej przekazał prokuraturze dowody przestępstw M. Kiedzika, przeciwko któremu został skierowany akt oskarżenia.