Podróż zajęła mu 5 miesięcy, po których dotarł do Nagasaki. Statek opuścił w japońskim stroju z mieczem u boku, dzięki czemu mógł się swobodnie poruszać, nie budząc podejrzeń o działalność misyjną. Udało mu się odszukać dominikańskiego misjonarza Dominika Ibáñez de Erquicia, z którym podjął współpracę. Pomagał mu katechista Michał Kurōbyōe. Władze cały czas poszukiwały misjonarzy i osób im pomagających. Na początku lipca 1633 r. aresztowano Michała Kurōbyōe, który pod wpływem tortur zdradził miejsce przebywania Jakuba Kyusei Gorōbyōe Tomonaga. Kilka dni później został uwięziony w Ōmura. Został skazany na śmierć 15 sierpnia 1633 r. Wyrok wykonano na wzgórzu Nishizaka w Nagasaki przy wykorzystaniu metody tsurushi, po 50 godzinach której zmarł 17 sierpnia. Jego ciało zostało spalone, a prochy wrzucono do morza. Razem z nim stracono Michała Kurōbyōe i 10 innych chrześcijan.
Został beatyfikowany przez Jana Pawła II 18 lutego 1981 r. w Manila na Filipinach w grupie Dominika Ibáñez de Erquicia i towarzyszy.