Negatywne nastawienie władz legło u podstaw prześladowań. Po okresie wzmożonej działalności misyjnej Kościoła katolickiego, gdy w 1613 roku siogun Hidetada Tokugawa wydał dekret, na mocy którego pod groźbą utraty życia wszyscy misjonarze mieli opuścić kraj, a praktykowanie i nauka religii zakazana, rozpoczęły się trwające kilka dziesięcioleci krwawe prześladowania chrześcijan. Franciszek Pacheco padł ofiarą eskalacji prześladowań zainicjowanych przez sioguna Iemitsu Tokugawę.
Lista męczenników Imię (imię oryginalne) Nazwisko Data urodzenia Narodowość Franciszek (Francisco) Pacheco 1556 Portugalczyk Baltazar (Baltasar) Torres 1563 Hiszpan Jan Chrzciciel (Giovanni Battista) Zola 1575 Włoch Jan (Ioannes) Kisaku (Kinsaco) フアン喜作 ok. 1605 Japończyk Kasper (Caspar) Sadamatsu (Sadamatzu) ガスパル定松 ok. 1565 Japończyk Michał (Michael) Tōzō ミゲル藤蔵 ok.