W pierwszych latach pobytu w Japonii apostolat realizował między innymi w okolicach miast Meaco (lub Miaco, od jap. miyako – stolica; dawna nazwa Kioto) i Ozaka (Osaka). W 1608 roku powrócił do Makau, gdzie kierował seminarium jezuitów. Ponownie w Japonii podjął działalność gdy mianowany został wikariuszem generalnym biskupa Luísa de Cerquiera, stanowisko piastował do czasu kiedy w 1614 roku został wydalony. W rok później wrócił w przebraniu kupca i potajemnie wspierał wspólnoty prześladowanych chrześcijan. Po śmierci biskupa pełnił powierzone obowiązki administratora apostolskiego diecezji, a następnie został mianowany prowincjałem jezuitów. 18 grudnia 1625 roku wydanego przez apostatę Franciszka Pacheco aresztowano z gospodarzem domu w którym mieszkał, sekretarzem Kasprem Sadamatsu i sąsiadami, a potem zamknięto w więzieniu na terenie miasta Shimabara. W niewoli utworzył wspólnotę modlitewną i zgodnie ze swoimi prerogatywami przyjął do zakonu współwięzionych katechistów.