Aresztowany został 29 września 1678 roku, na podstawie sfabrykowanych przez Tytusa Oatesa oskarżeń i zamknięty w londyńskim więzieniu Newgate. Już 17 grudnia postawiono go przed trybunałem, ale w trakcie procesu nie dowiedziono popełnienia przestępstwa. Kolejny raz stanął przed trybunałem pod zarzutem udziału w rzekomym spisku mającym na celu zabójstwo protestanckiego króla Karola II wraz z Antonim Turnerem, Janem Fenwickiem, Janem Gavanem i Wilhelmem Harcourtem. 13 czerwca w Old Bailey, za współudział w „spisku” wszyscy zostali skazani na śmierć przez powieszenie, wybebeszenie i poćwiartowanie. Wyrok wykonano 20 czerwca 1679 roku. Przed śmiercią Tomasz Whitbread potwierdził swoją niewinność i przebaczył ludziom, których fałszywe zeznania doprowadziły do wyroku śmierci. Wszyscy skazańcy odrzucili ułaskawienie warunkowane przyznaniem się do winy, a następnie pogrążyli się w modlitwie. Pochowani zostali na przykościelnym cmentarzu St Giles in the Fields.
Znaczenie W 1628 roku w Londynie opublikowano poematy autorstwa Tomasza Whitbreada: „The death” i „To his soul” w „The Remonstrance of Piety and Innocence”, był też autorem książki pod tytułem „Devout Elevation of the Mind to God”.