Jego obecność w Korei stała się wiadoma władzom wrogo nastawionym do chrześcijan, przez co musiał zmienić miejsce pobytu i ukrył się w domu Kolumby Kang Wan-suk, natomiast Saba Ji Hwang, Maciej Choe In-gil oraz Paweł Yun Yu-il zostali uwięzieni i ponieśli śmierć męczeńską.
W ciągu kolejnych 6 lat działalności Jakuba Zhou Wenmo liczba katolików w Korei zwiększyła się z 4000 do 10000. W 1801 r. w Korei na szeroką skalę rozpoczęły się prześladowania katolików. Aresztowanych wiernych torturowano w celu zmuszenia ich do wyrzeczenia się wiary oraz wymuszenia zdradzenia miejsca pobytu kapłanów. Jakub Zhou Wenmo uważając, że katolicy są zabijani z jego powodu, chciał opuścić Koreę i wrócić do Chin. Po namyśle zmienił jednak plany i postanowił oddać się w ręce władz koreańskich, co zrealizował 11 marca 1801 r. Został poddany brutalnym przesłuchaniom, a następnie skazany na śmierć według prawa wojskowego. Ścięto go 31 maja w Saenamteo, a jego głowę zawieszono na bramie.
Jakuba Zhou Wenmo beatyfikował papież Franciszek 16 sierpnia 2014 roku w grupie 124 męczenników koreańskich.
Wspominany jest 31 maja z grupą 124 męczenników koreańskich.