W 1070 lub 1071 Matylda opuściła męża, rozczarowana śmiercią dziecka i fizyczną niedoskonałością męża. Udała się do rodzinnej Toskanii i uzyskała repudium. Zaczęła rządzić tam razem z matką, pozbawiając władzy Gotfryda. W 1072 roku wyruszył do Włoch – chcąc ratować małżeństwo, udał się do jej matki, a potem do papieża Grzegorza VII, obiecując mu pomoc militarną. Decyzja Matyldy była jednak nieodwołalna. Pogodziwszy się z tym, Gotfryd powrócił na północ. Wkrótce między cesarzem a papieżem wybuchł spór o inwestyturę. Małżonkowie pogłębili swój podział i stanęli po przeciwnych stronach konfliktu – Gotfryd popierał cesarza, a Matylda – papieża. To przed jej zamkiem, w którym skrył się Grzegorz VII, w styczniu 1077 roku Henryk IV Salicki odbywał trzydniową pokutę.
Od połowy lat 70. działał jako wierny sojusznik cesarza. W 1075 na jego polecenie najechał księcia saskiego Magnusa Bildunga, na którego ziemiach wybuchło powstanie. Później wspomógł biskupa Utrechtu Wilhelma I van Gelre w najeździe na hrabiego Holandii Dirka V. W 1076 roku wyruszył do Utrechtu, gdyż wybuchł tam bunt przeciw chwilowo nieobecnemu biskupowi.