31 maja 1947 został kierownikiem Kliniki Gruźlicy i Katedry Ftyzjatrii, od 9 sierpnia 1949 był zastępcą profesora w Katedrze Ftyzjologii Wydziału Lekarskiego Uniwersytetu i Politechniki (prowadził zajęcia z ftyzjologii), skąd został zwolniony z przyczyn politycznych 1 października 1951 z działającej już wówczas Akademii Medycznej we Wrocławiu (określony jako „politycznie wrogi, politycznie bez wartości, raczej zacofany, nie powinien zostać na katedrze”). Po usunięciu z uczelni od 1951 do 1953 kierował Miejską Poradnią Przeciwgruźliczą we Wrocławiu. Był założycielem Społecznego Komitetu Walki z Gruźlicą. Na przełomie lat 40. i 50. był w grupie 23 przedstawicieli akademickiego środowiska lekarzy we Wrocławiu, którzy zostali objęci przez Urząd Bezpieczeństwa sprawą obiektową pod kryptonimem „Medycyna”.
Zmarł 10 czerwca 1956 we Wrocławiu. Został pochowany na cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu. mały|Grób Lesława Węgrzynowskiego na Cmentarzu św. Wawrzyńca we Wrocławiu Jego żoną była Stella z domu Starkel (ciotka Bolesława i Stanisława Wasylewskich). Jego córka Krystyna, która także została lekarzem z tytułem doktora i brała udział w powstaniu warszawskim, specjalistą chorób płuc, w 1992 wydała książkę upamiętniającą Lesława Węgrzynowskiego pt.