Zarządzanie Władzę najwyższą organizacji sprawuje Zgromadzenie Ogólne, składające się z trzech przedstawicieli każdego państwa członkowskiego. Jest odpowiedzialne za prowadzenie polityki opartej na wytycznych komisji technicznych i zbiera się co najmniej dwa razy w roku. Komitet Wykonawczy składa się z przewodniczącego, dwóch wiceprzewodniczących i dwóch wybieralnych członków Zgromadzenia Ogólnego. Komitet Wykonawczy jest odpowiedzialny za współdziałanie z Komisją Europejską i innymi instytucjami UE. Komisje techniczne to komisja ds. transportu, komisja morska i komisja ds. środowiska.
Środowisko Misją ESPO jest oddziaływanie na politykę unijną w celu osiągnięcia bezpiecznego, wydajnego i przyjaznego dla środowiska sektora portowego, a także działalność jako kluczowego elementu branży transportowej, gdzie stosowane są – w sposób nieograniczony i niewypaczony – warunki rynkowe.
W 2003 roku ESPO rozpowszechniła wśród członkowskich zarządów portów zbiór zasad praktycznego postępowania w sprawie środowiska. Ten zbiór zasad jest wykorzystywany w połączeniu ze Środowiskowym Systemem Przeglądu Portów (PERS) w celu wypracowania standardów polityki, zarządzania i wykonywania zaleceń zgodnych z przepisami o ochronie środowiska.