po powrocie spotkał się z wielkim przyjęciem. To właśnie po jego powrocie pełniący obowiązki prezydenta Atanasio Aguirre poprosił papieża Piusa IX o mianowanie Very biskupem. Papież zaakceptował tę rekomendację w 1864 roku, mianując Verę biskupem tytularnym Megary 22 września co skłoniło go do przyjęcia konsekracji biskupiej 16 lipca 1865 roku.
W 1867 roku Vera wyjechał do Rzymu, aby wziąć udział w XIX rocznicy śmierci św. Piotra i udał się na długie tournée po Włoszech i Francji, odwiedzając także sąsiednią Hiszpanię i Portugalię. W tym czasie odbył również pielgrzymkę do Ziemi Świętej. W 1869 roku ponownie wyruszył do Rzymu, aby wziąć udział w I Soborze Watykańskim i był tam aż do zamknięcia soboru w 1870 roku wraz z utratą państw papieskich.
4 października 1859 został mianowany wikariuszem apostolskim, a 16 lipca 1865 wyświęcony na biskupa z tytułem Megara. 3 lipca 1878 mianowany na pierwszego biskupa Montevideo. Zmarł 6 maja 1881 w Pan de Azúcar a jego pogrzeb przyciągnął setki osób, które okrzyknęły go energicznym pasterzem i świętym znanym ze swojej inteligencji i osobistej świętości.