Kradzież książek W 2004 roku wykryto zuchwałą kradzież, której systematycznie dokonywał jeden z wysoko postawionych pracowników Biblioteki. W wyniku wszczętego dochodzenia przyznał on, iż począwszy od 1995 roku wynosił systematycznie stare, bezcenne książki z Biblioteki Królewskiej oraz z innych bibliotek, jak również z Akademii Szwedzkiej, by następnie sprzedawać je z zyskiem na światowych aukcjach, a uzyskane środki wykorzystywać na własne potrzeby. Podejrzanemu (który zyskał przydomek KB-tjuvenZłodziej z Biblioteki Królewskiej.) postawiono zarzut kradzieży; do procesu jednak nie doszło, ponieważ popełnił on samobójstwo, wysadzając własne mieszkanie w powietrze.
Mężczyzna skradł ogółem z Biblioteki Królewskiej 56 książek. Ich wartość oszacowano (w przeliczeniu) na około 4 miliony złotych. W 2012 roku udało się wytropić w Nowym Jorku i odzyskać pierwszą z nich, Atlas Corneliusa van Wytflieta z 1597 roku, o szacunkowej wartości (w przeliczeniu) 350 000 złotych, zawierający mapy obu Ameryk oraz pierwszą mapę Kalifornii.