W październiku 1933 został dowódcą 2 batalionu strzelców w Tczewie. Od grudnia 1936 był II oficerem sztabu Inspektora Armii gen. dyw. Stefana Dąb-Biernackiego w Wilnie. Od 28 stycznia 1938 dowodził 85 Pułkiem Piechoty w Nowej Wilejce. Na jego czele walczył w kampanii wrześniowej. Brał udział w przegranej bitwie pod Piotrkowem Trybunalskim na początku września. Następnie w okolicach wsi Dęborzeczka objął dowództwo nad najliczniejszym dywizyjnym zgrupowaniem (ok. 7 tys. żołnierzy) powstałym na bazie 86 pułku piechoty i 19 pułku artylerii lekkiej. Na czele tej jednostki brał udział w dalszych walkach. Zgrupowanie Jana Kruka-Śmigli zostało rozbite podczas walk od 18 do 20 września, a sam podpułkownik trafił do niewoli niemieckiej 22 września 1939. Był przetrzymywany w niemieckim obozie jenieckim Oflag VI B Dössel i obozie karnym Silberberg. Odzyskał wolność u kresu wojny w 1945 po wyzwoleniu przez aliantów.
Powrócił do Polski w listopadzie 1945. Był zatrudniony w Biurze Aprowizacji w Tenczynku, następnie był radcą prawnym w Zakładach Diora w Dzierżoniowie. Na emeryturze przebywał od 1 czerwca 1964. Od 1965 zamieszkiwał we Wrocławiu i tam współpracował z Podkomisją Odznaczeń Bojowych przy Związku Bojowników o Wolność i Demokrację.