przy stanie 4–5 dla Red Sox w drugiej połowie 10. zmiany, po niekontrolowanym narzucie miotacza Red Sox Boba Stanleya, a następnie po uderzeniu zapolowego Mets Mookie Wilsona i błędzie przy pierwszej bazie Billa Bucknera, Mets zdobyli dwa runy i zwyciężyli 6–5, doprowadzając do siódmego spotkania, w którym pokonali Red Sox 8–5, ostatecznie wywalczając drugi w historii klubu tytuł mistrzowski. W maju 1990 po uzyskaniu przez Mets bilansu 20–22, Johnson został zwolniony z funkcji menadżera zespołu.
W maju 1993 został menadżerem Cincinnati Reds, zaś w 1996 Baltimore Orioles, z którym dwukrotnie przegrał American League Championship Series. W 1997 Orioles uzyskali najlepszy w lidze bilans 98–64, a Johnson został wybrany najlepszym menadżerem American League, a także wprowadzony do Baltimore Orioles Hall of Fame. W latach 1999–2000 prowadził Los Angeles Dodgers.
W 2003 objął reprezentację Holandii, którą poprowadził do mistrzostwa Europy. Na Igrzyskach Olimpijskich 2008 jako menadżer reprezentacji Stanów Zjednoczonych zdobył brązowy medal. Rok później wraz z kadrą USA wystąpił na turnieju World Baseball Classic.