Podmioty, na których ciąży obowiązek zapłaty opłaty paliwowej, obowiązane są składać informację o opłacie paliwowej właściwemu naczelnikowi urzędu celnego oraz obliczać i wpłacać opłatę paliwową w terminie do 25 dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym powstał obowiązek zapłaty. Wpłaty powinny być uiszczane na wyodrębniony rachunek bankowy izby celnej właściwej dla dokonywania wpłat kwot z tytułu zapłaty podatku akcyzowegoArt. 37o ust. 1 ustawy z 27 października 1994 o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym..
Podmioty zobowiązane do zapłaty opłaty paliwowej są – z mocy ustawy – z tego obowiązku zwolnione w wypadku, gdy wynika to z umów międzynarodowych dotyczących międzynarodowego transportu drogowegoArt. 37j ust. 2 ustawy z 27 października 1994 o autostradach płatnych oraz o Krajowym Funduszu Drogowym..