Graniczna Placówka Kontrolna w Krajniku Dolnym weszła w podporządkowanie Pomorskiego Oddziału Straży Granicznej i przyjęła nazwę Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Krajniku Dolnym (GPK SG w Krajniku Dolnym}.
W 2000 począwszy od Komendy Głównej SG, Oddziałów SG i na końcu strażnic SG oraz GPK SG, rozpoczęła się reorganizacja struktur Straży Granicznej związana z przygotowaniem Polski do wstąpienia do Unii Europejskiej i przystąpieniem do Traktatu z Schengen. Podczas restrukturyzacji wprowadzono kompleksową ochronę granicy już na najniższym szczeblu organizacyjnym, tj. strażnica i graniczna placówka kontrolna. Wprowadzona całościowa ochrona granicy zniosła podział na graniczne jednostki organizacyjne ochraniające tylko tzw. „zieloną granicę” i prowadzące tylko kontrole ruchu granicznego. W wyniku tego, 2 stycznia 2003 roku nastąpiło zniesie strażnicy SG w Chojnie, a ochraniany odcinek granicy wraz z obsadą etatową, przejęła Graniczna Placówka Kontrolna SG w Krajniku DolnymZarządzenie nr 058 Komendanta Głównego Straży Granicznej z 13.12.2002 r.