Znajdujący się tu gród obronny o nazwie Łoza został w 1222 r. podarowany przez Konrada I mazowieckiego biskupowi misyjnemu Prus, Chrystianowi. W 1243 wolą Wilhelma z Modeny – legata Papieża dla Bornholmu, Gotlandii, i środkowo-wschodniego wybrzeża Bałtyku, podzielona została diecezja Prus i utworzona została diecezja chełmińska, której siedzibą stała się Chełmża. W mieście powstała pierwsza z katedr, wybudowanych na ziemiach administrowanych przez Krzyżaków. Pierwszym biskupem został Heidenreich (1246–1263). lewo|mały|Makieta średniowiecznej Chełmży Większą rolę zaczęła Chełmża odgrywać od 1251 roku, kiedy stała się siedzibą biskupstwa chełmińskiego, uzyskując jednocześnie od biskupa Heidenryka prawa miejskie jako Culmensee. Nie jest wykluczone, że podobna osada istniała jeszcze przed 1251 rokiem na tzw. surowym korzeniuP. Birecki, Dzieje sztuki w Chełmży, s. 13-15, w miejscu którego środek oznacza dzisiaj kościół św. Mikołaja, świadczy o tym sformułowanie „quondam castrum” (łac. niegdyś gród) w dokumencie fundacyjnym katedry z 1251 roku, dotyczące istniejącego wcześniej w tym miejscu kościoła parafialnego. W tym samym roku zaczęto wznosić kościół katedralny, będący jednym z największych kościołów gotyckich na ziemi chełmińskiej.