Oddział został rozformowany 16.05.1991 w wyniku rozwiązania Wojsk Ochrony Pogranicza.

Straż Graniczna: 16 maja 1991, po rozwiązaniu Wojsk Ochrony Pogranicza, Graniczna Placówka Kontrolna w Łebie weszła w podporządkowanie Bałtyckiego Oddziału Straży Granicznej i przyjęła nazwę Graniczna Placówka Kontrolna Straży Granicznej w Łebie (GPK SG w Łebie).

Zarządzeniem nr 017 z dnia 12 marca 1992 komendant główny Straży Granicznej rozformował Bałtycki Oddział Straży Granicznej, przekazując w podporządkowanie Morskiemu Oddziałowi SG ochraniany dotychczas odcinek granicy państwowej na środkowym wybrzeżu od Łeby do DźwirzynaMorski Oddział Straży Granicznej przeformowano na nowy etat. Zorganizowano go na bazie istniejącego już oddziału oraz sił i środków rozformowanych oddziałów SG: Kaszubskiego w Gdańsku i Bałtyckiego w Koszalinie oraz części Pomorskiego w Szczecinie. w tym GPK SG w Łebie.

Pod koniec 1999 w Morskim Oddziale SG przeprowadzono istotne zmiany organizacyjne, w ich wyniku 1 stycznia 2000 zniesiono cztery graniczne placówki kontrolne SG w: Dziwnowie, Darłowie, Łebie i Helu oraz Bałtycki Dywizjon SG w Kołobrzegu.