W razie gdyby koszty obronne przekroczyły stan skarbca, miasta były zobowiązane do udzielenia sobie dodatkowej pomocy. Istniała możliwość prolongaty aktu w dniu jego wygasania, zgodnie, przez wszystkich członków.
Gdańsk, zwłaszcza po wpłaceniu pierwszej raty, przestał pozorować początkowe działania wspierające Elbląg, wymawiając się tym, że konfederację zawiązano dla spraw ważniejszych niż spór o jedną świątynię. Wywołało to poważne rozgoryczenie w Elblągu, a z czasem również Toruń zauważył, że stał się dobrowolnie miastem satelickim Gdańska. Powstały na tym tle pierwsze rysy w związku. Konfederacja stała się też przedmiotem ostrych ataków szlachty pruskiej, która nie życzyła sobie ujednolicenia polityki miast. Od 1618 początkowe nieporozumienia przekształciły się w ostry kryzys, pogłębiany dodatkowo sprzecznymi interesami ekonomicznymi poszczególnych miast-członków (m.in. sporem między kupcami gdańskimi i toruńskimi o gdańską kontrabandę śledzi i soli zamorskiej w górę Wisły). Składki do wspólnej kasy zaprzestano wnosić od 1619. Gdańszczanie pragnęli utrzymać związek, przede wszystkim obawiając się najazdu szwedzkiego, ale rozdźwięki wewnętrzne były zbyt silne.