Mniejsze zakłady włączono do rzemiosła lub spółdzielni, a większe wchłonęły przedsiębiorstwa państwowego przemysłu terenowego. Działacze Izby do końca walczyli o zachowanie sektora prywatnego przed zagładą oraz bronili kupców przed represjami.
Likwidacja Pomorskiej Izby Przemysłowo-Handlowej w Bydgoszczy, podobnie jak izb w całym kraju nastąpiła 28 czerwca 1950 r. W ówczesnych warunkach politycznych była ona niewygodnym symbolem epoki kapitalistycznej, który musiał ulec likwidacji wobec wprowadzania w Polsce wzorowanego na sowieckim systemu gospodarczego.
Samorząd gospodarczy w postaci Izb Przemysłowo-Handlowych, mógł odrodzić się dopiero z chwilą upadku PRL i systemu socjalistycznego. W rezultacie przemian polityczno-gospodarczych w 1988 roku utworzono ponownie Izbę Przemysłowo-Handlową w Bydgoszczy, która w 2001 r. stała się Izbą Przemysłowo-Handlową Województwa Kujawsko-Pomorskiego.