Po zakończeniu wojny chciał dołączyć do Ludowego Wojska Polskiego, jednak został zatrzymany po tym jak zgłosił się w komisji wojskowej. Gdy został wypuszczony ponownie zorganizował oddział partyzancki, który w szczytowym okresie liczył 100 żołnierzy. 8 lipca 1945 pod Majkowicami dowodził w bitwie z Armią Czerwoną. Dwa tygodnie później, 18 lipca rozwiązał oddział uważając iż dalsza walka jest pozbawiona sensu i wyjechał do Wielkopolski. Utworzył tam Związek Byłych Partyzantów „Warta”, który miał się stać legalnym związkiem kombatanckim. Na skutek zdrady został aresztowany przez komunistów w Trzciance (Wielkopolska). W 1946 roku skazano go na karę śmierci, jednak ze względu na dyplom uznania jaki otrzymał w 1945 roku od dowództwa Armii Czerwonej sąd zmniejszył karę do 15 lat więzienia. Dzięki amnestii wyszedł na wolność w 1956. Prześladowany przez bezpiekę. W 1980 wyjechał do Kanady, do Polski powrócił w 1995.
8 sierpnia 2007 Prezydent RP Lech Kaczyński mianował pułkownika nie podlegającego obowiązkowi służby wojskowej Stanisława Burza-Karlińskiego na stopień generała brygady..