W 2005 otwierał lubelską listę Platformy Janusza Korwin-Mikke do SejmuSerwis PKW – Wybory 2005. [dostęp 2015-03-31].. W 2006 był kandydatem UPR do radySerwis PKW – Wybory 2006. [dostęp 2015-03-31]. oraz na prezydenta Lublina (zajmując 9. miejsce spośród 10 kandydatów)Serwis PKW – Wybory 2006. [dostęp 2015-03-31].. W 2009 był liderem lubelskiej listy UPR do Parlamentu EuropejskiegoSerwis PKW – Wybory 2009. [dostęp 2015-03-31].. W październiku 2009 zdobył mandat radnego lubelskiej dzielnicy Czechów Południowy.
Po opuszczeniu UPR, od 2010 był przez pewien czas rzecznikiem prasowym Obozu Narodowo-Radykalnego, który od tego samego roku jest jednym z organizatorów Marszu Niepodległości. W 2010 Marian Kowalski bez powodzenia kandydował do rady Lublina z listy PiSSerwis PKW – Wybory 2010. [dostęp 2016-06-14]., a w 2011 do Sejmu z listy KNPSerwis PKW – Wybory 2011. [dostęp 2015-03-31].. W 2012 formacje organizujące Marsz Niepodległości (w tym jego dawna partia UPR) utworzyły Ruch Narodowy. Marian Kowalski zasiadł w powołanej w styczniu 2013 radzie decyzyjnej RN, a w 2014 kandydował z ramienia tego ugrupowania do EuroparlamentuSerwis PKW – Wybory 2014. [dostęp 2015-03-31]., do sejmiku województwa lubelskiegoSerwis PKW – Wybory 2014. [dostęp 2018-09-07].