„Ophthalmology", „Cornea", „Molecular Vision", „British Journal of Ophthalmology" oraz „Graefe’s Archive for Clinical and Experimental Ophthalmology"Spis publikacji w serwisie PubMed .
Praca badawcza i kliniczna Zainteresowania badawcze Jacka Szaflika dotyczą m.in. chirurgii przedniego odcinka oka (m.in. leczenie zaćmy i jaskry), schorzeń rogówki i powierzchni oka, genetycznego podłoża chorób oczu oraz transplantologii.
Jako pierwszy w Polsce wdrażał szereg nowych metod w mikrochirurgii oka. W 2008 roku jako pierwszy w Polsce wykonał przeszczep warstwowy tylny rogówki z zastosowaniem mikrokeratomu do wypreparowania płatka (ang. Descemet Stripping Automated Endothelial Keratoplasty, DSAEK). W 2010 wykonał pionierski w kraju przeszczep blaszki granicznej tylnej rogówki (błony Descemeta). Ma ponadto największe w Polsce doświadczenie w stosowaniu lasera femtosekundowego w mikrochirurgicznym leczeniu zaćmy (procedura FLACS – ang. Femtosecond Laser-assisted Cataract Surgery). Procedurę FLACS w leczeniu zaćmy wykonuje od 2012 roku.