W roku 2012 malezyjska firma została oskarżona o zrzucenie do wód zatoki toksycznych odpadów. MT Glenn Guardian, jeden ze statków będących własnością malezyjskiej firmy, odebrał z amerykańskiego okrętu USS Emory Land około 189 500 litrów zanieczyszczeń i około 760 litrów wód zęzowych. W związku z tym, że malezyjska firma została wynajęta przez US Navy, incydent ten – choć operacja odbyła się za zgodą rządu Filipin – wywołał falę anty-amerykańskich nastrojów.

Wraki Większość wraków spoczywających na dnie zatoki Subic znalazła się tam w wyniku wojny amerykańsko-hiszpańskiej roku 1898 i II wojny światowej, kiedy to samoloty amerykańskie zatopiły wiele japońskich statków. Wymienione poniżej są atrakcją dla płetwonurków: El Capitan – statek handlowy o wyporności około 3000 ton i nieco poniżej 130 metrów długości. W Subic Bay spoczywa na pochyłym dnie San Quentin – podczas wojny amerykańsko-hiszpańskiej w roku 1898 Hiszpanie zatopili go z zamiarem zablokowania drogi wodnej między wyspami Grande i Chiquita w pobliżu wejścia do zatoki Subic. USS „New York” (ACR-2) – stary krążownik przemianowany w roku 1917 na USS Rochester. Na początku japońskiej inwazji Filipin okręt służył jako pływający warsztat i magazyn.