Była to graniczna wieś polska, od Wierchomli zaczynała się Łemkowszczyzna skolonizowana przez ludność wołosko-ruską.

W 1770 Łomnica znalazła się w granicach Austrii. Od 1785 należała do sądeckich kameralnych dóbr państwowych (K.k Cameral Amt). W czasach autonomii galicyjskiej i do 1933 była gminą jednowioskową, po 1934 należała do gminy zbiorowej Piwniczna. W latach 1954–1961 była samodzielną gromadą. Od 1961 była gromadą GRN Piwniczna-Wieś, od 1973 jest sołectwem.

Jesienią 1410 r. w Łomnicy miały miejsce potyczki rycerstwa polskiego oraz pospolitego chłopskiego ruszenia z oddziałami Zygmunta Luksemburczyka, dowodzonymi przez Ścibora ze Ściborzyc, herbu Ostoja (1347–1414). Wojska Luksemburczyka łupiły Małopolskę, podczas gdy polskie rycerstwo walczyło pod Grunwaldem i pod Koronowem. Po spaleniu Starego Sącza wojska Ścibora wycofały się na górne Węgry (dzisiejszą Słowację).

Około XVI wieku mieszkańcy zajęli się wypasem owiec i kóz, co urozmaiciło dotychczasowe rolnictwo oparte na uprawie zbóż oraz hodowli bydła i przyczyniło się do wzrostu zamożności łomniczan. Przed II wojną światową okolicznym górom groziło całkowicie wylesienie ze względu na intensywny rozwój rolnictwa. Wówczas Łomnica charakteryzowała się największą liczbę biedoty wiejskiej (tzn.