Wpłynęło to na późniejszą, miejscami błędną, rekonstrukcję oraz interpretację przedstawień.
Pierwszą konserwację przeprowadzono w latach 1937–1939 pod kierunkiem Józefa Edwarda Dutkiewicza, ówczesnego miejskiego konserwatora zabytków. W ramach tych prac przywrócono wejście do piwnic od Rynku oraz okno w Winiarni, a znajdujące się w katastrofalnym stanie polichromie podklejono i wzmocniono. Konserwacji nie dokończono ze względu na wybuch wojny.
Z powodu obecnego wśród inskrypcji napisu w języku niemieckim, malowidłami zainteresowały się niemieckie władze okupacyjne. Podczas prac przeprowadzonych w 1942 roku polichromie zostały odgrzybione, oczyszczone z kurzu i brudu oraz przemalowane.
Po II wojnie światowej sąsiadujące pomieszczenia i sama Winiarnia kilka razy zmieniały użytkowników. Funkcjonowała tu siedziba klubu studenckiego, punkt fotograficzny, gabinet fryzjerski, galeria sztuki, restauracja „Piwnica pod Fortuną”, antykwariat oraz multimedialna ekspozycja dotyczącą historii miasta „Piwnica pod Fortuną – multimedialna historia Lublina”. Zła izolacja kamienicy i wynikająca stąd wilgoć były stałym zagrożeniem dla malowideł, stąd konieczność kolejnych zabiegów konserwatorskich, które przeprowadzono w latach: 1960, 1974, 1982, 1998–1999 oraz 2007.