Po święceniach w latach 1940–1942 został administratorem w Przemyślu, zaś w okresie 1942–1943 wikariuszem Ułaszkowcach pow. Czortków. W latach 1943–1944 przebywał w klasztorze w Buczaczu. Od 1945 r. mieszkał w klasztorze w Przemyślu, pełniąc funkcję wikariusza w miejscowej parafii bazyliańskiej. mały|243x243px|Grób Jana Bałyka na Cmentarzu Bródnowskim W 1946 wyjechał do Warszawy. Przez rok był kapelanem żeńskiego zgromadzenia obrządku łacińskiego ss. samarytanek w Jurkach pow. Grójec oraz prefektem w Kruszewie tego samego powiatu, zaś w latach 1946–1950 pomagał w pracy duszpasterskiej w rzymskokatolickiej parafii w Warszawie-Lesznie. Jednocześnie studiował historię Kościoła na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu Warszawskiego (1946–1951), gdzie 16 marca 1949 otrzymał magisterium, zaś 24 grudnia 1951 obronił doktorat (drukiem, w języku ukraińskim, ukazał się w ponad dwadzieścia lat później: І. Балик, Іннокентій Винницький: єпископ перемиський, самбірський, сяніцький 1680–1700, Roma 1978).