Według proboszcza, zmiana ta spowodowana była chęcią dyskredytacji go przez środowiska socjalistyczne, którym mieli ulec nauczyciele oraz prefekt.
Podczas II wojny światowej mieszkał nadal przy kościele Podwyższenia Krzyża Świętego. 26 sierpnia 1940 roku został aresztowany i osadzony w obozu przejściowego w Szczeglinie, skąd po trzech dniach przetransportowano go do obozu koncentracyjnego Sachsenhausen. W Sachsenhausen osadzono go w bloku 18a, od samego początku pobytu w obozie poddawany był torturom i był maltretowany przez SS-manów.
Zmarł z powodu choroby wrzodowej i wycieńczenia, 11 listopada 1940 roku. Jego ciało spalono w obozowym krematorium.
Ordery i odznaczenia Złoty Krzyż Zasługi (14 lipca 1936) „za pracę na polu spółdzielczości”.
Upamiętnienie W Kole znajduje się jedno miejsce upamiętniające osobę ks. kanonika Józefa Mężnickiego. W kościele farnym Podwyższenia Krzyża Świętego, na północnej ścianie kruchty, umieszczona jest tablica pamiątkowa. Ufundował ją ks. kanonik Stanisław Piotrowski, a poświęcenia dokonał 29 listopada 1970 roku biskup włocławski Jan Zaręba.