Faraon obawiał się ograniczenia władzy, dlatego rozpoczął rewolucję religijną, jednocześnie doprowadzając do zmiany urzędników piastujących istotne funkcje.
Do czasów współczesnych zachowała się w mocno uszkodzonej formie inskrypcja, której autorem miał być sam Echnaton: Król mówi... ich świątynie popadły w ruinę... skończyli się jeden po drugim…
Reformy faraona Od początku swojego panowania Echnaton wykazywał duże zainteresowanie reformami i nowym kultem, który zaczął być wprowadzany już przez jego ojca. W pierwszym roku panowania wydał rozkaz wzniesienia świątyni ku czci Ra-Horachtiego, który raduje się na horyzoncie w swym imieniu Szu, który jest w Atonie. Bóg został przedstawiony jako człowiek z głową sokoła, a sama świątynia była nazywana Wielkim Benben. Budowla została wzniesiona na terenie świątyni Amona w Karnaku.
Faraon przeprowadził reformę religijną, próbując wprowadzić henoteizm – odmianę politeizmu cechującą się wywyższeniem spośród wielu bóstw jednego: Atona (tzw. reforma amarneńska).
Prawdopodobnie pozyskując poparcie heliopolitańskich kapłanów boga Ra za swoich rządów, co prawda chwilowo, zreformował całą ideologię państwa (m.in.