W 1962 Jean Sénac wrócił do niepodległej już Algierii i został zatrudniony w ministerstwie edukacji narodowej. Zajmował się ponowną organizacją biblioteki uniwersyteckiej w Algierze, której zbiory zostały zniszczone przez Organizację Tajnej Armii. W 1963 utworzył Związek Pisarzy Algierskich i przez cztery lata był jego sekretarzem. Ponadto w latach 1963-1965 pracował w algierskim radiu, prowadząc emisje "Poeta w mieście" i "Poezja na wszystkich frontach", w których zajmował się krytyką literacką, przedstawiał młodych utalentowanych twórców. W 1966 odwiedził Związek Radziecki, gdzie nawiązał znajomość z Jewgienijem Jewtuszenką.
Twórczość Sénaka coraz bardziej oddalała się od oficjalnej propagandy państwa algierskiego, przez co w 1967 został usunięty ze Związku Pisarzy Algierskich i pozbawiony pracy w radiu. Pozbawiony środków do życia, mimo wszystko nie chciał opuścić Algierii, wierząc, że jest tam bardziej potrzebny, niż we Francji. Od 1969 mieszkał w Algierze w piwnicy i utrzymywał się tylko dzięki pomocy przyjaciół. Utrzymywał kontakty z młodymi poetami, udzielał im rad, zaś w 1971 wydał antologię ich tekstów. W 1973 został zamordowany.