Natomiast w 1920 uzyskał tytuł profesora zwyczajnego, a w 1926 został dziekanem Katedry Chemii Organicznej.
W czasie wojny polsko-bolszewickiej 1920, jako ochotnik Wojska Polskiego został przydzielony w stopniu szeregowca do Wojsk Łączności Kompanii Inżynieryjno-Szkolnej Centralnych Składów Telefoniczno-Telegraficznych w Warszawie. Pełnił rolę referenta oświatowego Baonu Zapasowego Telegraficznego Nr 1. W październiku 1920 w trakcie służby w Kielcach, został zwolniony z wojska, gdyż został wybrany na Dziekana Wydziału Chemii Politechniki Warszawskiej.
Jako profesor zwyczajny chemii ogólnej postanowieniem prezydenta RP z 6 lipca 1926 został mianowany profesorem zwyczajnym chemii organicznej na Politechnice Warszawskiej. W roku akademickim 1926/1927 po raz pierwszy został wybrany na rektora Politechniki Warszawskiej. Druga kadencja przypadła na rok akademicki 1927/1928. W czasie kadencji L.A. Szperla jako rektora Politechniki Warszawskiej, utrzymano zaostrzony rygor studiów. W 1927 Politechnika Warszawska, po raz pierwszy wzbogaciła się o nowy gmach przy ul. Nowowiejskiej, został tam otworzony Instytut Aerodynamiczny. W 1928 zostało założone Stowarzyszenie „Studium Technologiczne”, które miało wspomóc uczelnię w budowie planowanych już od kilku lat nowych gmachów.