W latach 2018–2024 był członkiem zarządu All European Academies (ALLEA), a w 2024 został jej prezesem. Członek zarządu, a od 2026 r. wiceprzewodniczący (SAPEA). Od 2022 przewodniczy europejskiemu oddziałowi (IAHR Europe).
Zaangażowany w działania na rzecz rozwoju Polskiej Akademii Nauk, w tym o charakterze strategicznym. Przewodniczy zespołowi do spraw opracowania założeń do projektu oraz projektu nowelizacji ustawy o PAN a wcześniej również zespołowi ds. opracowania regulaminu wyboru członków PAN. Jest też przewodniczącym komisji stypendialnej PAN i zespołu doradczego Prezesa PAN do spraw podziału budżetu Akademii. Był inicjatorem utworzenia Biura Doskonałości Naukowej w Akademii, wspierającego polskie aplikacje w konkursach Europejskiej Rady ds. Badań Naukowych ERC, a obecnie jest koordynatorem (był również pomysłodawcą) programu stypendialnego PASIFIC (2019–2024), finansowanego ze środków Komisji Europejskiej w ramach Programu Marii Skłodowskiej-Curie COFUND (projekt o łącznym budżecie blisko 50 mln zł). Program ma celu promowanie nowatorskich pomysłów badawczych w jednostkach PAN. Wśród inicjatyw prof. Rowińskiego znalazło się także powołanie, a obecnie koordynowanie prac Zespołu doradczego Prezesa PAN ds.