Proces duchownego relacjonowany był przez prasę jugosłowiańską, która potępiała biskupa i nazywała go zdrajcą, a także przez prasę amerykańską.

Biskup Barnaba odbywał karę początkowo w Stolcu, a następnie w więzieniach w Zenicy i w Sremskiej Mitrovicy. W 1950 patriarcha serbski Wincenty II bezskutecznie starał się o jego zwolnienie. W tym samym roku, podczas transportu koleją do więzienia w Sremskiej Mitrovicy, został poważnie ranny w katastrofie kolejowej. Leczony był w szpitalu w Sremskiej Mitrovicy, następnie w Belgradzie, po czym pozwolono mu zamieszkać w monasterze Wprowadzenia Matki Bożej do Świątyni w BelgradzieВАРНАВА. W 1953 na polecenie władz musiał wyjechać do monasteru Gomionica. Władze Jugosławii nie zgodziły się, by ponownie zaczął służyć jako biskup. Do 1959 przebywał w klasztorze Gomionica. Następnie, po upływie czasu wyroku, odzyskał wolność i przeniósł się do monasteru Krušedol, gdzie nadal był obserwowany przez jugosłowiańskie służby bezpieczeństwa. Kilkakrotnie bez powodzenia ubiegał się o zgodę na podjęcie publicznej działalności duszpasterskiej. W 1963 musiał przenieść się do innego klasztoru Fruškiej gory – monasteru Beočin. Prowadził ascetyczny tryb życia, stale zachowywał surowy post.