Jego obrońca Edmund Biejak przemawiał tak: Dodatnie znaczenie tego procesu już sam Pan Prokurator podkreślił w swoim przemówieniu, a mianowicie, że proces ma bardzo duże znaczenie, bo niech robotnik, rzemieślnik, inteligent pracujący, inżynier wie, że wróg jeszcze kąsa, że ta przydeptana żmija jeszcze groźnie kąsa. Można powiedzieć, że zasługą oskarżonego Skrzyszowskiego jest to, że proces powstał i istnieje i ma dodatnie znaczenie. Wyrok wykonano w więzieniu mokotowskim w Warszawie 15 maja 1953 roku.

Przez wiele lat miejsce jego pochówku było nieznane. Przed rozpoczęciem prac ekshumacyjnych w kwaterze „Ł” Cmentarza Wojskowego na Powązkach w Warszawie jego nazwisko było uwidocznione na znajdującym się tam pomniku, co było wyrazem podejrzeń, że został tam pochowany. Szczątki Stefana Skrzyszowskiego zostały odnalezione przez zespół IPN pod kierownictwem prof. Krzysztofa Szwagrzyka 23 maja 2013 roku w kwaterze „Ł”. 9 czerwca 2016 roku, podczas uroczystości w Pałacu Prezydenckim, Instytut Pamięci Narodowej ogłosił, że ustalono tożsamość Stefana Skrzyszowskiego. Notę potwierdzającą identyfikację odebrał Janusz Salmonowicz, jego syn.