Także papież Paweł VI (Ecclesiam suam, Octogesima adveniens) poddał krytyce ateizm doktrynalny i protestował przeciw naruszaniu wolności religijnej przez „ateizm walczący”. Dostrzegał jednak u ateistów wspólne wartości i zachęcał do współpracy z nimi w życiu społecznym. 9 IV 1965 papież Paweł VI powołał do istnienia Sekretariat ds. Niewierzących, który zajmuje się badaniem ateizmu, przyczyn jego powstawania oraz nawiązywaniem dialogu z niewierzącymi. Naukę Soboru Watykańskiego II przypomniał Katechizm Kościoła Katolickiego, zwracając uwagę na fakt, że ateizm jest grzechem przeciw cnocie religijności i często wynika z błędnej koncepcji autonomii ludzkiejEncyklopedia religie świata „Gazety Wyborczej”.. Tradycyjna doktryna katolicka przyjmuje, że wiara jest niezbędna do zbawienia: Tak wielkie ma znaczenie jedność ciała Kościoła, że tylko w tej jedności pozostającym pomagają do zbawienia sakramenty kościelne oraz im tylko wieczną nagrodę wysługują posty, jałmużny i inne uczynki pobożności oraz praktyki chrześcijańskiego życia. Nikt nie może być zbawiony, choćby jego jałmużny były wielkie i choćby przelał krew za Chrystusa, jeśli nie pozostanie w łonie Kościoła katolickiego i jedności z nimDekret dla Jakobitów wydany w 1442 r. na Soborze Florenckim;