Po wybuchu II wojny światowej Z. Szafranowski był najstarszym stopniem oficerem w Białymstoku, a wobec braku zorganizowanej odgórnie obrony miasta, podjął się jej tworzenia (wspomagał go kpt. Tadeusz Kosiński), formując żołnierzy z pododdziałów marszowych i zapasowych (batalion marszowy 42 pułku piechoty i niepełny Batalion Wartowniczy nr 33). Został dowódcą obrony Białegostoku w okresie kampanii wrześniowej (siedziba dowództwa mieściła się w pałacu Chaima Nowika przy obecnej ulicy Lipowej 35).

Po agresji ZSRR na Polskę z 17 września 1939 został internowany na terenach litewskich, po czym aresztowany przez Sowietów i osadzony w obozie w Kozielsku, skąd 2 lipca 1940 trafił do obozu jenieckiego NKWD w Griazowcu, gdzie od 1940 przebywali polscy jeńcy. Po zawarciu układu Sikorski-Majski z 30 lipca 1941 wstąpił do Polskich Sił Zbrojnych w ZSRR. Od 16 października 1941 do 31 października 1942 był dowódcą 16 pułku piechoty (późniejszego 16 Lwowskiego batalionu strzelców) w strukturze 6 Lwowskiej Dywizji Piechoty (jego poprzednikiem został ppłk Kazimierz Kierkowski). W tym czasie podczas ewakuacji Armii Polskiej jednostka pokonywała teren w kierunku Iraku i Iranu). Był oficerem Polskich Sił Zbrojnych.