W 1922 na terenie monasteru zakwaterowany został 1 pułk kawalerii wojsk GPU, część obiektów przekazano również na cele muzealne. Równocześnie w monasterze pozostawało ok. 30 mnichów. W 1922 do bogolubowskiej wspólnoty dołączyli mnisi z monasteru Narodzenia Matki Bożej we Włodzimierzu, którzy nie pogodzili się z przejęciem swojego klasztoru przez Żywą Cerkiew. W 1923 monaster w Bogolubowie został zlikwidowany, zaś w styczniu następnego roku cały kompleks przekazano muzeum. Ponieważ placówka miała na przestrzeni lat trudności finansowe, wynajęła część zabudowań na dom dziecka, w 1929 przekazała dwa monasterskie sobory z przeznaczeniem na magazyny zbożowe. W połowie lat 30. XX wieku muzeum opiekowało się jedynie najstarszymi, XII-wiecznymi budynkami, pierwotnie wchodzącymi w skład zamku Andrzeja Bogolubskiego, zaś obiekty sakralne użytkował kołchoz, przez co były one w bardzo złym stanie. W drugiej połowie tej samej dekady prawdopodobnie zniszczony został cmentarz mnichów i kaplica ku czci fundatora obiektu. Od 1941 do lat 90.