3 marca 1942 został aresztowany i razem z innymi księżmi przetrzymywany kolejno w więzieniu na Łukiszkach (do 8 lipca 1942), Wiłkowyszkach (do 17 października 1942) i obozie w Szałtupiu. Zwolniony 13 października 1943, powrócił do Wilna. Jesienią 1944 rozpoczął wykłady ze Starego Testamentu i języków biblijnych w otwartym na nowo seminarium wileńskim. W 1945 repatriowany do Polski, wykładał w dalszym ciągu (do 1948) w seminarium wileńskim, które tymczasowo mieściło się w Białymstoku.
W 1948 został profesorem na Wydziale Teologii Katolickiej Uniwersytetu Warszawskiego, po jego likwidacji w 1954 – w Akademii Teologii Katolickiej w Warszawie. Na UW wykładał języki aramejski, syryjski, arabski, akkadyjski i łacinę, na ATK aramejski, syryjski, arabski, akkadyjski, hebrajski i grecki. Przeszedł na emeryturę w 1967, do 1973 prowadził wykłady zlecone.