Następne 100 maszyn, już w wersji B, miały już od początku powiększone górne skrzydło i nieco zwiększoną powierzchnię statecznika pionowego. Samoloty były używane do szkolenia podstawowego do 1926.
Samoloty Aeromarine 39 były całkowicie konwencjonalnymi na ówczesny czas dwupłatami o konstrukcji drewnianej krytej płótnem.
thumb|left|Aeromarine 39-B podchodzący do lądowania na USS Langley Kilka samolotów w wersji 39-A używane jeszcze były po I wojnie światowej. W 1921, dwa z nich, z racji ich znakomitych właściwości pilotażowych przy małych prędkościach, używane były w do symulowanych lądowań na pokładzie lotniskowca. Na lotnisku Langley Field na jednym z pasów startowych rozciągnięto czasowo eksperymentalne liny hamujące zarówno poprzeczne jak i podłużne. Samolot został wyposażony w hak hamujący na ogonie, oraz przymocowane do elementów podwozia mniejsze haki (alignment hooks), mające utrzymać samolot w linii prostej po lądowaniu wykorzystując do tego liny podłużne. Samolot został wyposażony dodatkowo w wystające przed przednie podwozie urządzenia zabezpieczające przed kapotażem lub stanięciem na śmigle.