Niemców, ale przede wszystkim żołnierzy podziemia i organizacji niepodległościowych oraz tych, którzy zostali uznani za „wrogów władzy ludowej”.
W pierwszych latach po wojnie warunki więzienne były fatalne: ciasnota, brud, wilgoć, brak dopływu światła do cel oraz złe wyżywienie. Szerzyły się choroby zakaźne, takie jak gruźlica. Wszystko to wpływało na stosunkowo wysoką śmiertelność więźniów. Sytuacja zaczęła poprawiać się w latach 50. XX w. Szpital działający przy więzieniu uchodził za czysty i zadbany. Oddział przeciwgruźliczy uruchomiono ponownie w 1951 r., działał do 1975 r. Powstał zewnętrzny ośrodek pracy. W okresie późniejszym zorganizowano Ośrodek Przystosowania Społecznego, który stanowił samodzielną od więzienia strukturę organizacyjną.
W roku 1990 Ośrodek Przystosowania Społecznego został rozformowany. Obiekty zostały podporządkowane pod administrację jednostki z nazwą – Zakład Karny Kłodzko. Teraz znajduje się tam oddział dla skazanych z niepsychotycznymi zaburzeniami psychicznymi i upośledzonych umysłowo. Poza tym w obiekcie funkcjonuje oddział dla skazanych uzależnionych od środków odurzających i substancji psychotropowych.
W Zakładzie Karnym w Kłodzku prowadzi działalność składnica akt. W zakładzie funkcjonuje klub honorowych dawców krwi, który w 2014 r.