Przyczyny wypadku Służby zabezpieczyły czarne skrzynki samolotu. Piloci pilotujący maszynę byli doświadczeni, mieli po 5 i 7 tysięcy wylatanych godzin (trzeci pilot na pokładzie był w trakcie szkolenia). Samolot ATR 72, jak każdy inny turbośmigłowy samolot komunikacyjny może się wznosić i kontynuować lot na jednym pracującym silniku, pod warunkiem wyłączenia silnika, który uległ awarii, i ustawieniu jego śmigła w chorągiewkę. Według oświadczenia Wang Hsing-chunga, dyrektora agencji bezpieczeństwa ruchu lotniczego, gdy samolot osiągnął wysokość ok. 400 m, włączył się alarm silnika nr 2 i 46 s później, silnik nr 1 został wyłączony. Przez następną minutę oba silniki samolotu były wyłączone; silnik nr 1 został ponownie włączony na 7 sekund przed uderzeniem o ziemię. Prawdopodobną przyczyną wypadku było pomylenie przez pilota silników – wyłączył sprawny, zamiast uszkodzonego (na rejestratorze nagrały się jego słowa: „Wow, pulled back the wrong side throttle.” – „Wow, wyłączyłem silnik nie po tej stronie”).
Maszyna była nowa, służyła mniej niż rok, a 26 stycznia była sprawdzana pod kątem bezpieczeństwa przez tajwańską agencję lotnictwa cywilnego.