Kariera reprezentacyjna W seniorskiej reprezentacji Paragwaju Samudio zadebiutował za kadencji argentyńskiego selekcjonera Gerardo Martino, 28 marca 2009 w przegranym 0:2 meczu z Urugwajem w ramach eliminacji do Mistrzostw Świata 2010. Był to zarazem jego jedyny występ w tych udanych dla jego drużyny eliminacjach, jednak nie znalazł się w późniejszej kadrze na mundial. Premierowego gola w kadrze narodowej strzelił 14 sierpnia 2013 w zremisowanym 3:3 sparingu z Niemcami, w międzyczasie będąc podstawowym piłkarzem zespołu podczas eliminacji do Mistrzostw Świata 2014; rozegrał w nich dziesięć z osiemnastu możliwych meczów, lecz Paragwajczycy tym razem nie zdołali awansować na mundial. W 2015 roku został powołany przez Ramóna Díaza na rozgrywany w Chile turniej Copa América, podczas którego był jednym z ważniejszych graczy drużyny narodowej i rozegrał trzy z sześciu możliwych spotkań (wszystkie w pierwszym składzie). Jego kadra zdołała natomiast dotrzeć do półfinału, gdzie znacząco uległa Argentynie (1:6), zajmując ostatecznie czwarte miejsce.