W sierpniu 1941 na bazie grupy aktywu partyjnego z obwodu mińskiego utworzył oddział partyzancki „Białoruś” i został jego dowódcą; miał stopień majora. Na początku oddział zajmował się sabotażem kolejowym (niszczenie torów, wykolejanie pociągów), później podejmował również działania dywersyjne i walki z niemieckimi ekspedycjami przeciwpartyzanckimi; w marcu 1942 oddziałowi udało się usunąć niemiecką administrację z Kliczewa i okolic i przywrócić tam władzę komunistyczną i radzieckie instytucje państwowe. W marcu 1943 oddział został przemianowany na Brygadę „Białoruś”, a Pokrowski mianowany podpułkownikiem, później pułkownikiem. We wrześniu 1943 i w lutym i maju 1944 partyzanci toczyli ciężkie walki z niemieckimi ekspedycjami karnymi. Od 1943 do lipca 1944 N. Pokrowski był członkiem podziemnego Mińskiego Komitetu Obwodowego KP(b)B. W końcu czerwca 1944 Brygada „Białoruś” (licząca wówczas 1029 ludzi) podjęła działania przeciwko wycofującym się oddziałom niemieckim przed nadejściem frontu Armii Czerwonej;