W 1990 roku w statucie organizacji dokonano gruntownych zmian, zdecydowano jednak o zachowaniu dotychczasowej nazwy. Dopiero obradujący w dniach 28-29 marca 1992 roku XII zjazd LTS-K zdecydował o zmianie nazwy organizacji na „Stowarzyszenie Litwinów w Polsce”. 26 lutego 2012 roku na przewodniczącego organizacji po raz czwarty wybrano Olgierda Wojciechowskiego (funkcję zaczął sprawować w 2004).

Działalność Do stałego kalendarza imprez organizowanych z udziałem Stowarzyszenia Litwinów w Polsce należą: Festiwal Teatrów Dziecięcych (marzec); coroczne zloty litewskich zespołów artystycznych (czerwiec, organizowane we wsi Burbiszki); Dni Puńska (współorganizator); „Wiosna Poezji” (maj) oraz „Jesienne Spotkania Literackie” (październik), organizowane we współpracy z wydawnictwem „Aušra”.

Przy organizacji szeregu wydarzeń organizacja działa jako partner Domu Kultury Litewskiej w Puńsku.

Stowarzyszenie wydaje dwutygodnik „Aušra”, kwartalnik „Suvalkietis” (od 1992), miesięcznik dla dzieci „Aušrelė” (od 1997).