26 lutego 2006 otrzymał nominację na stanowisko dyrektora generalnego Służby Więziennej. Na początku marca tego samego roku dziennikarze „Gazety Wyborczej” ujawnili, że w czasie stanu wojennego, kiedy Biegalski był naczelnikiem gdańskiego aresztu, w podległej mu jednostce doszło do pacyfikacji osadzonych. W lipcu 1982, dzięki podsłuchom i więziennej agenturze, Służba Bezpieczeństwa otrzymała informacje o planowanym przez więźniów politycznych strajku głodowym. W celu uspokojenia sytuacji Biegalski skierował do nich ok. 300 funkcjonariuszy, którzy wyciągali osadzonych z cel z żądaniem spożycia posiłku. Jeśli ci odmówili, byli bici. Wszczęte w tej sprawie przez Prokuraturę Marynarki Wojennej w Gdyni śledztwo zostało umorzone w 1983 ze względu na rozbieżności w zeznaniach funkcjonariuszy. Postępowanie kontynuowała jednak Naczelna Prokuratura Wojskowa – ostatecznie podejrzanych objęto amnestią. W 1986 sąd okręgowy w Gdańsku przyznał jednemu z poszkodowanych odszkodowanie. Jednocześnie stwierdził, że dokumentacja lekarska pobitych była fałszowana. W następstwie publikacji minister sprawiedliwości Zbigniew Ziobro wystąpił do premiera o odwołanie Biegalskiego z zajmowanego stanowiska, co nastąpiło w tym samym miesiącu.