W 1944 roku odtworzył gimnazjum w nowym budynku przy ul. Ogrodowej 12 i ponownie został jego dyrektorem. Rok później szkoła powróciła do dawnego gmachu (początkowo tylko 5 pomieszczeń). Po interwencji biskupa lubelskiego Stefana Wyszyńskiego szkoła otrzymała połowę ostatniego piętra i strych. W czerwcu 1962 r. władze komunistyczne próbowały zamknąć szkołę, ale spotkało się to z protestami rodziców i strony kościelnej. 24 lipca 1962 milicja siłą zajęła zamknięty na czas wakacji budynek i wymieniła zamki w drzwiach. Tym samym szkoła przestała istnieć na ponad 30 lat, a odtworzono ją już po śmierci Michała Słowikowskiego.

Po wojnie został rektorem kościoła Matki Bożej Zwycięskiej w Lublinie. W latach 1947–1991 pracował jednocześnie jako proboszcz w parafii św. Mikołaja w Lublinie, gdzie znajduje się poświęcona mu tablica pamiątkowa. Zachował się jego pisany przez wiele lat pamiętnik. Za zasługi został uhonorowany godnością prałata Kapituły Lubelskiej, prałata domowego Jana XXIII, protonotariusza apostolskiego;