Kojałowicz ukończył seminarium duchowne jako najlepszy absolwent w swoim roczniku i dzięki temu został skierowany na naukę na Akademii Duchownej na koszt państwa. Po uzyskaniu końcowego dyplomu w 1855 został zatrudniony w seminarium duchownym w Rydze, a półtora roku później w seminarium duchownym w Petersburgu oraz na Petersburskiej Akademii Duchownej. Początkowo był zatrudniony na katedrze teologii porównawczej oraz katedrze historii rozłamu w Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej. Po obronie pracy magisterskiej został profesorem na katedrze historii Kościoła i państwa rosyjskiego, zaś w 1869 stanął na czele nowo utworzonej katedry historii Rosji. Kierował nią do śmierci.
Dorobek naukowy i publicystyka W 1859 i w 1862 opublikował kolejno dwa tomy swojej pracy magisterskiej z teologii poświęconej dziejom Kościoła unickiego na Litwie. W 1865 wydał zbiór dokumentów poświęconych zachodnim guberniom Imperium Rosyjskiego (ziemie zabrane) pt. Dokumienty, objasniajuszczije istoriju Zapadnoj Rossii i jeje otnoszenija k Wostocznij Rossii i k Polsze z przekładem na język francuski. Cztery lata później opublikował kronikę oblężenia Pskowa przez Stefana Batorego, a następnie wydał zapis obrad sejmu lubelskiego z 1569 z przekładem dokumentów na język rosyjski.