Ponadto od 1966 roku w Burundi funkcjonował system jednopartyjny, w którym rolę monopartii odgrywała Partia Jedności i Postępu Narodowego Burundi (UPRONA).
W sierpniu 1988 w gminach Ntega i Marangara na północy kraju wybuchło spontaniczne powstanie Hutu, wywołane prowokacjami lokalnych urzędników Tutsi oraz obawami przed powtórzeniem się ludobójstwa z 1972 roku. W trakcie kilkudniowych zamieszek zostało zabitych kilkuset Tutsi, w tym liczne kobiety i dzieci. W odwecie rządowa armia zamordowała od 15 tys. do 30 tys. Hutu, a kolejnych 50 tys. zmusiła do ucieczki z kraju. Masakry w Ntega i Marangara wywołały oburzenie światowej opinii publicznej. W obawie przed międzynarodową izolacją oraz sankcjami ekonomicznymi prezydent Pierre Buyoya był zmuszony podjąć daleko idące reformy. Już w październiku 1988 roku utworzył Narodową Komisję do Zbadania Kwestii Jedności Narodowej – ciało o zrównoważonym składzie etnicznym, którego zadaniem miało być m.in. opracowanie rekomendacji służących budowie narodowej jedności. Powołał także nowy rząd, na którego czele stanął Adrien Sibomana, z pochodzenia Hutu. W rządzie Sibomany Hutu otrzymali dwanaście tek ministerialnych, na skutek czego po raz pierwszy od 1965 roku Burundi miało rząd, którego premier oraz połowa ministrów wywodzili się z Hutu.