W 1930 ks. Polakow uzyskał prawo powrotu do Kiszyniowa i podjął działalność duszpasterską w tamtejszej cerkwi św. Serafina, wokół której gromadzili się Rosjanie. Duchowny domagał się zachowania kalendarza juliańskiego i języka cerkiewnosłowiańskiego, podczas gdy w Rumunii obowiązywały już rumuński język liturgiczny i nowy styl. W związku z postawą ks. Polakowa w 1933 Święty Synod Rumuńskiego Kościoła Prawosławnego rozważał pozbawienie go święceń kapłańskich, do czego ostatecznie nie doszło. W 1935 Władimir Polakow stanął na czele Związku mniejszości rosyjskiej w Rumunii.
W latach II wojny światowej Po wkroczeniu Armii Czerwonej do Besarabii w 1940 i aneksji regionu do ZSRR duchowny początkowo służył w cerkwi Wszystkich Świętych na Cmentarzu Centralnym w Kiszyniowie. Po wybuchu wojny niemiecko-radzieckiej kapłan zorganizował w domu prywatną świątynię, gdzie modlił się za zwycięstwo ZSRR i w intencji metropolity moskiewskiego Sergiusza. Kilkakrotnie był aresztowany. W 1944, po zajęciu Mołdawii przez Armię Czerwoną, ponownie służył w cerkwi Wszystkich Świętych.